ভাটপাড়া নগেশ চন্দ্র গুপ্ত উচ্চ বিদ্যালয়টি প্রতিষ্ঠিত হয় ১৯৬৩ ইং সালে। এই মাদরাসার প্রতিষ্ঠা লগ্ন এমনই সময়কাল ছিল। যখন অত্র এলাকার মানুষ ইসলামী ধ্যান ধারণা ও মূল্যবোধ থেকে ক্রমেই দূরে সরে যাচ্ছিল। ঐ সময় অত্র এলাকায় একজন আলেমও খোঁজ করে সন্ধান মিলতো না।

ঠিক এমনই সময়ে একটি মাদরাসা প্রতিষ্ঠার অতীব প্রয়োজন মনে করছিলেন মিরপুরর যোগ্য ব্যক্তিত্ব হারেজ  আলী মোল্লা ও নিম্ন লিখিত ব্যক্তিবর্গ সামসুদ্দিন আহমেদ, ওবেদ আলী মোল্লা, আহাজার আলী মালিথা, রমজান মল্লিক, আবুল হোসেন মন্ডল, আব্দুল মন্ডল, মনছের মিস্ত্রী, জফের আলী মুন্সি, মনিরুদ্দিন মল্লিক, রুস্তম আলী মালিথা, সামসুদ্দিন মন্ডল, মমিন মল্লিক, মসলেম মন্ডল (গেটপাড়া), আব্দুল মান্নান (নয়নপুর), আব্দুর রহমান (অঞ্জনগাছী), আজাহার আলী (অঞ্জনগাছী), মইনুদ্দিন (নওপাড়া) ও আব্দুর রশিদ (যুগিপোল)।

এদের প্রধান পৃষ্ঠপোষক হিসাবে ভূমিকা পালন করেন পশ্চিম বঙ্গে অবস্থিত পাকশী ফুরফুরা শরীফের প্রধান সম্মানিত পীর সাহেব জনাব আবু বক্কর সিদ্দিক নাজমুল ছালেহীন। যে কারণে মাদরাসাটির নাম করণ তার নামানুসারেই হয়। এদের অক্লান্ত পরিশ্রমের ফসল মিরপুর উপজেলার সর্ব প্রথম স্বীকৃতি প্রাপ্ত এই ঐতিহ্যবাহী মাদরাসাটি। এছাড়াও অত্র এলাকার লাখো মানুষ অক্লান্ত শ্রম ও অর্থ ত্যাগের বিনিময়ে এই মাদরাসায় যথেষ্ট অবদান রেখেছেন। সময় ও সুযোগের অভাবে তাদের নাম প্রকাশ করা সম্ভব হলো না।

মাদরাসাটি প্রতিষ্ঠার পর থেকেই ইসলামী  ও সাধারণ শিক্ষা বিস্তারের মাধ্যমে দেশ ও জাতী গঠনে এক যুগান্তকারী ভূমিকা পালন করে আসছে। কুষ্টিয়া মেহেরপুর  মহাসড়ক সংলগ্ন মিরপুর উপজেলা সদর বাসষ্ট্যান্ডেই এক মনোরম পরিবেশে মাদরাসাটির অবস্থান। এটি মিরপুর, ভেড়ামারা ও দৌলতপুর এই তিন উপজেলার একমাত্র ফাযিল (ডিগ্রী) পর্যায়ের মাদরাসা এবং এই তিন উপজেলার আলিম, ফাযিল কেন্দ্রীয় পাবলিক পরীক্ষার একমাত্র কেন্দ্র এই মাদরাসাতেই অবস্থিত। যাহা নকলমুক্ত পরিবেশে অতি সুনামের সহিত মাদরাসা বোর্ড ও ইসলামী আরবীবিশ্ববিদ্যালয়ের অধীনে পরীক্ষা সমুহ পরিচালনা করে আসছে। অত্র প্রতিষ্ঠানটি দক্ষ ও অভিজ্ঞ শিক্ষকমন্ডলী দ্বারা পরিচালিত হয়ে আসছে।